Une équipe de chercheurs a annoncé la découverte d’un nouveau groupe de virus dans les océans. Jusqu’ici insaisissables, ils joueraient un rôle majeur dans la régulation bactérienne. Ils pourraient également ne pas se cantonner qu’aux océans.
L’océan est bondé : pas moins de 10 millions de virus peuvent se trouver dans un seul millilitre d’eau. Si la plupart sont connus, d’autres en revanche évoluent à l’abri des regards. Du moins jusqu’à maintenant. Une équipe de microbiologistes annonce en effet la découverte d’une famille de virus jusqu’alors inconnue qui domine l’océan et ne peut être détectée par des tests de laboratoire standards. Les chercheurs soupçonnent que cette famille virale pourrait également évoluer hors de l’océan, et peut-être même à l’intérieur de notre corps.
« Nous ne pensons pas que ce soit spécifique à l’océan », note le microbiologiste environnemental Martin Polz, de l’Institut Technologique du Massachusets (MIT). Les chercheurs ont ici analysé trois mois d’échantillons d’eau prélevés dans l’océan au large de la côte du Massachusetts. Ils ont ensuite réussi à isoler et à étudier des spécimens de ces virus, qui constituent un chaînon manquant dans l’évolution des virus, et jouent un rôle important dans la régulation des populations bactériennes. Ce qu’ils ont trouvé flottant dans l’eau est également remarquable par le fait que ces virus ne ressemblent à aucun autre.
Selon les chercheurs, les virus les plus abondants sur l’ensemble de la planète sont les virus à double brin d’ADN (dsDNA), dont la variété « à queue » (Caudovirales) est la plus connue. Les spécimens sans queue dont il est question ici sont beaucoup moins connus, principalement parce que leurs caractéristiques biologiques ne sont pas facilement détectables par des tests communs. Mais c’est désormais chose faite, puisque les chercheurs ont pu séquencer leur ADN. Ils ont par ailleurs nommé ce nouveau groupe « Autolykiviridae » – d’après Autolycos, un personnage de la mythologie grecque connu pour être difficile à attraper.
Ces virus sans queue semblent être les représentants d’une ancienne lignée virale définie par des types spécifiques de capside – la carapace protéique qui entoure l’ADN vira. Ces derniers infectent couramment les animaux et les organismes unicellulaires, mais pas les bactéries. Les génomes de cette nouvelle famille sont très courts comparés aux virus à queue, car composés d’environ 10 000 bases, au lieu des 40 000 à 50 000 en général pour les virus à queue. En outre, alors que la plupart des virus ne s’attaquent qu’à un ou deux types de bactéries, ceux-ci semblent pouvoir en infecter des douzaines différents, suggérant qu’ils jouent un rôle démesuré en terme de régulation de la vie bactérienne dans l’océan. De véritables prédateurs microscopiques.
Cette efficacité impitoyable pourrait ne pas être limitée à l’océan, car ce nouveau groupe de virus semble en effet être particulièrement répandu. Les chercheurs suggèrent que nous pourrions effectivement les retrouver dans le microbiome humain. En effet, en passant au crible les bases de données d’ADN pour voir si des scientifiques avaient déjà étudié des virus semblables, l’estomac est apparu dans les résultats. Des recherches supplémentaires seront donc nécessaires pour comprendre les implications de ces virus – que ce soit dans l’océan ou dans d’autres écosystèmes.
Les résultats de cette étude sont rapportés dans Nature.
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