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Variole du singe : le virus aurait subi une « évolution accélérée »

Crédits : Wikipedia

Une étude génétique récente suggère que le virus de la variole du singe a muté à un rythme beaucoup plus rapide que prévu, essuyant probablement une période « d’évolution accélérée ». Comme expliquer un tel phénomène ?

L’Agence régionale de santé (ARS) d’Ile-de-France a signalé ce week-end un premier cas confirmé de variole du singe chez un enfant de la région. Jusqu’alors, le virus n’avait touché que des adultes. Le dernier bilan fait état de 330 cas confirmés d’infection en France. Plus largement, le virus aurait infecté plus de 3 500 personnes dans 48 pays depuis sa détection hors d’Afrique en mai dernier.

Historiquement, la variole du singe se transmet par contact cutané étroit avec des lésions cutanées ouvertes, du matériel contaminé, des fluides corporels ou des gouttelettes respiratoires projetées. Cependant, la vitesse à laquelle cet agent pathogène semble se propager suggère que celui-ci infecte peut-être ses hôtes un peu différemment. Certains spécialistes ont alors suggéré que de nouvelles mutations pourraient être une cause possible.

Dans le cadre d’une étude publiée récemment dans la revue Nature Medicine, des chercheurs ont testé cette hypothèse. Pour ce faire, ils ont collecté une quinzaine d’échantillons de virus et reconstruit leurs informations génétiques. À leur grande surprise, les chercheurs ont alors découvert que le taux de mutation réel était six à douze fois plus élevé que prévu.

Une évolution accélérée

Concrètement, le virus porterait environ cinquante nouvelles mutations non observées dans les souches précédentes détectées de 2018 à 2019. Or, les chercheurs ne s’attendent généralement pas à ce que des virus de ce genre gagnent plus d’une ou deux mutations chaque année.

En théorie, en tant que grand virus à ADN double brin, cet agent pathogène est en effet beaucoup plus capable de corriger les erreurs de réplication qu’un virus à ARN. Cela signifie que la souche actuellement au cœur des préoccupations n’aurait dû accumuler qu’une poignée de mutations depuis qu’elle a commencé à circuler en 2018. Pour les auteurs de l’étude, ces nouvelles données génétiques révèlent une « adaptation humaine potentielle« . Plusieurs mutations identifiées portent en effet des indices révélateurs qu’elles pourraient avoir émergé en raison du contact du virus avec le système immunitaire humain.

Une famille d’enzymes antivirus appelée APOBEC3 est notamment pointée du doigt. Ces enzymes attaquent les virus en les forçant à faire des erreurs lorsqu’ils copient leur code génétique. Ce type d’approche provoque généralement la décomposition du virus. Si ce n’est pas le cas, un virus peut alors capter quelques mutations dans son code génétique. Il se peut que ces types de batailles se soient produites à plusieurs reprises et aient amené le virus de la variole du singe à capter de nombreuses mutations en peu de temps.

variole du singe
Le virus de la variole du singe sous micrographie électronique à transmission colorée. Crédits : UK Health Security Agency/Science Photo Library

Un parcours encore incertain

D’après l’étude, le taux de mutation du virus aurait commencé à augmenter en 2018. Entre-temps, il est possible que le virus ait circulé chez l’homme à de faibles niveaux. Il est également possible que le virus se soit propagé parmi les animaux dans des pays non endémiques sans que nous le remarquions, avant de soudainement basculer chez les humains cette année.

Pour l’heure, le virus reste relativement sans danger. Rappelons que les souches peuvent être classées en deux clades (ou lignées). L’une est originaire d’Afrique de l’Ouest, l’autre du bassin du Congo. Les virus de chaque clade ont des taux de mortalité différents. Le clade ouest-africain a un taux de mortalité d’environ 1%, tandis que le second a un taux de 10%. L’épidémie en cours semble être provoquée par le clade ouest-africain.

Si un traitement direct contre la variole du singe n’a pas encore été testé, les médecins administrent aux patients des médicaments antiviraux et des anticorps prélevés sur des personnes immunisées avec le vaccin contre la variole.