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Un proche parent du SARS-CoV-2 trouvé chez les chauves-souris

Crédits : BlenderTimer/pixabay

Des chercheurs annoncent avoir identifié un proche parent du SARS-CoV-2 chez les chauves-souris? Cela nous offre davantage de preuves que le virus à l’origine de la pandémie de COVID-19 a évolué naturellement, et non en laboratoire.

Les rumeurs qui circulent autour d’une possible fuite du virus SARS-CoV-2 d’un laboratoire P4 de Wuhan demeurent infondées. Ce type de structures est placé en très forte dépression (pression de l’air négative). De fait, “même une brèche importante dans la structure ne permettrait pas la fuite d’un agent pathogène“, expliquait récemment Olivier Reynard, du Centre international de recherche en infectiologie (CIRI) de Lyon, interrogé par Capital.

Ainsi, pour l’immense majorité des chercheurs, l’origine du virus responsable de la pandémie de COVID-19 est bel est bien naturelle. Et dans cet esprit, les chauves-souris figurent parmi les hôtes les plus probables. Le virus se serait ensuite infiltré innocemment chez un animal hôte, jusqu’à ce qu’il développe les mutations nécessaires pour s’attaquer aux humains. Une nouvelle étude, publiée dans Current Biology, tend d’ailleurs à confirmer cette idée.

Insertion S1 S2

Les Coronaviridae tiennent leur nom de la couronne de spicules qui enveloppent leur surface. Ces structures semblables à des épines expriment la protéine S. Il s’agit d’une glycoprotéine qui facilite l’entrée du virus dans les cellules. Pour le cas du SARS-CoV-2, nous savons qu’il y a un clivage de la protéine S en deux sous-unités : S1 et S2.

En gros, S1 est celle qui permet au virus de former un contact avec la cellule visée. Elle va s’accrocher à son enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). Lorsque S1 est attachée à ce récepteur, S2 va ensuite interagir avec une autre protéine cellulaire importante (TMPRSS2). C’est ce qui va autoriser l’entrée du virus dans les cellules pulmonaires.

Toutefois, le SARS-CoV-2 se caractérise par une insertion de quatre acides aminés à la jonction de S1 et S2. Cette insertion, présente jusqu’à présent dans tous les SARS-CoV-2 séquencés, était visiblement unique au virus. Depuis sa découverte, les adeptes de la théorie du “virus échappé d’un laboratoire” ont donc pointé du doigt cette “insertion S1 / S2” apparemment très inhabituelle et peut-être indicative d’une manipulation en laboratoire.

coronavirus sars-cov-2
Des particules virales du SRAS-CoV-2 vues au microscope. Crédits : NIAID-RML

Un virus étroitement lié au SRAS-CoV-2

Ce que nous annoncent aujourd’hui des chercheurs chinois, c’est que cette même configuration a été identifiée dans un nouveau coronavirus, encore une fois présent chez les chauves-souris.

RmYN02, son nom, a été identifié à partir d’une analyse de 227 échantillons de chauves-souris. Les prélèvements réalisés entre mai et octobre 2019 proviennent de la province du Yunnan, en Chine. En janvier dernier, l’ARN de ces échantillons a ensuite fait l’objet un séquençage métagénomique de nouvelle génération.

Ces analyses révèlent que le virus contient lui aussi des insertions d’acides aminés au point où les deux sous-unités de sa protéine de pointe se rencontrent.

Les insertions dans RmYN02 ne sont pas les mêmes que celles dans SARS-CoV-2. Cela indique qu’elles se sont produites par des événements indépendants. Malgré tout, une configuration similaire se produisant dans un virus identifié chez les chauves-souris suggère fortement que ces types d’insertions sont bien d’origine naturelle.

Un virus peu susceptible d’infecter les humains

Si l’on prend en compte l’ensemble du génome, le plus proche parent du SARS-CoV-2 est un autre virus, appelé RaTG13. Il avait été précédemment identifié chez des chauves-souris de la province du Yunnan. RmYN02 est quant à lui encore plus étroitement lié au SARS-CoV-2 dans certaines parties du génome, y compris dans la plus longue section codante du génome appelée 1ab, où ils partagent 97,2% de leur ARN.

Les chercheurs notent cependant que RmYN02 ne ressemble pas étroitement à SARS-CoV-2 dans la région du génome qui code pour le domaine de liaison de la protéine qui se lie au récepteur ACE2 humain, utilisé par SARS-CoV-2 pour infecter les cellules hôtes. Cela signifie qu’il n’est pas susceptible d’infecter les cellules humaines.

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