Des chercheurs annoncent avoir identifiĂ© un proche parent du SARS-CoV-2 chez les chauves-souris? Cela nous offre davantage de preuves que le virus Ă l’origine de la pandĂ©mie de COVID-19 a Ă©voluĂ© naturellement, et non en laboratoire.
Les rumeurs qui circulent autour d’une possible fuite du virus SARS-CoV-2 d’un laboratoire P4 de Wuhan demeurent infondĂ©es. Ce type de structures est placĂ© en très forte dĂ©pression (pression de l’air nĂ©gative). De fait, « mĂŞme une brèche importante dans la structure ne permettrait pas la fuite d’un agent pathogène« , expliquait rĂ©cemment Olivier Reynard, du Centre international de recherche en infectiologie (CIRI) de Lyon, interrogĂ© par Capital.
Ainsi, pour l’immense majoritĂ© des chercheurs, l’origine du virus responsable de la pandĂ©mie de COVID-19 est bel est bien naturelle. Et dans cet esprit, les chauves-souris figurent parmi les hĂ´tes les plus probables. Le virus se serait ensuite infiltrĂ© innocemment chez un animal hĂ´te, jusqu’Ă ce qu’il dĂ©veloppe les mutations nĂ©cessaires pour s’attaquer aux humains. Une nouvelle Ă©tude, publiĂ©e dans Current Biology, tend d’ailleurs Ă confirmer cette idĂ©e.
Insertion S1 S2
Les Coronaviridae tiennent leur nom de la couronne de spicules qui enveloppent leur surface. Ces structures semblables Ă des Ă©pines expriment la protĂ©ine S. Il s’agit d’une glycoprotĂ©ine qui facilite l’entrĂ©e du virus dans les cellules. Pour le cas du SARS-CoV-2, nous savons qu’il y a un clivage de la protĂ©ine S en deux sous-unitĂ©s : S1 et S2.
En gros, S1 est celle qui permet au virus de former un contact avec la cellule visĂ©e. Elle va s’accrocher Ă son enzyme de conversion de l’angiotensine 2 (ACE2). Lorsque S1 est attachĂ©e Ă ce rĂ©cepteur, S2 va ensuite interagir avec une autre protĂ©ine cellulaire importante (TMPRSS2). C’est ce qui va autoriser l’entrĂ©e du virus dans les cellules pulmonaires.
Toutefois, le SARS-CoV-2 se caractĂ©rise par une insertion de quatre acides aminĂ©s Ă la jonction de S1 et S2. Cette insertion, prĂ©sente jusqu’Ă prĂ©sent dans tous les SARS-CoV-2 sĂ©quencĂ©s, Ă©tait visiblement unique au virus. Depuis sa dĂ©couverte, les adeptes de la thĂ©orie du « virus Ă©chappĂ© d’un laboratoire » ont donc pointĂ© du doigt cette « insertion S1 / S2 » apparemment très inhabituelle et peut-ĂŞtre indicative d’une manipulation en laboratoire.
Un virus étroitement lié au SRAS-CoV-2
Ce que nous annoncent aujourd’hui des chercheurs chinois, c’est que cette mĂŞme configuration a Ă©tĂ© identifiĂ©e dans un nouveau coronavirus, encore une fois prĂ©sent chez les chauves-souris.
RmYN02, son nom, a Ă©tĂ© identifiĂ© Ă partir d’une analyse de 227 Ă©chantillons de chauves-souris. Les prĂ©lèvements rĂ©alisĂ©s entre mai et octobre 2019 proviennent de la province du Yunnan, en Chine. En janvier dernier, l’ARN de ces Ă©chantillons a ensuite fait l’objet un sĂ©quençage mĂ©tagĂ©nomique de nouvelle gĂ©nĂ©ration.
Ces analyses rĂ©vèlent que le virus contient lui aussi des insertions d’acides aminĂ©s au point oĂą les deux sous-unitĂ©s de sa protĂ©ine de pointe se rencontrent.
Les insertions dans RmYN02 ne sont pas les mĂŞmes que celles dans SARS-CoV-2. Cela indique qu’elles se sont produites par des Ă©vĂ©nements indĂ©pendants. MalgrĂ© tout, une configuration similaire se produisant dans un virus identifiĂ© chez les chauves-souris suggère fortement que ces types d’insertions sont bien d’origine naturelle.
Un virus peu susceptible d’infecter les humains
Si l’on prend en compte l’ensemble du gĂ©nome, le plus proche parent du SARS-CoV-2 est un autre virus, appelĂ© RaTG13. Il avait Ă©tĂ© prĂ©cĂ©demment identifiĂ© chez des chauves-souris de la province du Yunnan. RmYN02 est quant Ă lui encore plus Ă©troitement liĂ© au SARS-CoV-2 dans certaines parties du gĂ©nome, y compris dans la plus longue section codante du gĂ©nome appelĂ©e 1ab, oĂą ils partagent 97,2% de leur ARN.
Les chercheurs notent cependant que RmYN02 ne ressemble pas Ă©troitement Ă SARS-CoV-2 dans la rĂ©gion du gĂ©nome qui code pour le domaine de liaison de la protĂ©ine qui se lie au rĂ©cepteur ACE2 humain, utilisĂ© par SARS-CoV-2 pour infecter les cellules hĂ´tes. Cela signifie qu’il n’est pas susceptible d’infecter les cellules humaines.
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