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SARS-CoV-2 : Les plus proches parents connus du virus isolés au Laos

Crédits : 13848407/Pixabay

Une équipe de chercheurs annonce avoir identifié trois nouveaux virus chez les chauves-souris au Laos plus similaires au SARS-CoV-2 que n’importe quel autre agent pathogène connu. Ces nouvelles découvertes soutiennent l’hypothèse d’une origine naturelle à la pandémie de Covid-19. Elles font également craindre que de nombreux coronavirus susceptibles d’infecter les humains évoluent en ce moment même dans la nature.

Des virus (très) proches du SARS-CoV-2

Ces nouvelles découvertes pourraient être cruciales pour déterminer les origines de la Covid-19. Des chercheurs de l’Institut Pasteur, en France, ont en effet identifié trois virus proches du SARS-CoV‑2 chez des chauves-souris. Ces travaux publiés sur le serveur de préimpression Research Square suggèrent que ces agents contiennent des domaines de liaison aux récepteurs quasi identiques à ceux du SARS-CoV-2 et qu’ils peuvent donc infecter les cellules humaines.

Pour rappel, le domaine de liaison au récepteur (une région cruciale de la protéine spike) est ce qui permet au SARS-CoV-2 de se fixer à la surface des cellules humaines pour y pénétrer, via le récepteur ACE2.

Marc Eloit et son équipe, de l’Institut Pasteur, ont obtenu ces résultats en prélevant des échantillons de salive, de fèces et d’urine de 645 chauves-souris (Rhinolophus) dans des grottes du nord du Laos. Identiques à plus de 95 % au SARS-CoV-2, ces trois virus ont été baptisés BANAL-52, BANAL-103 et BANAL-236.

En laboratoire, les chercheurs ont déterminé que les domaines de liaison aux récepteurs de ces virus pouvaient se fixer au récepteur ACE2 sur les cellules humaines aussi efficacement que certaines variantes précoces du SARS-CoV-2.

Lorsque le SARS-CoV-2 a été séquencé pour la première fois, le domaine de liaison au récepteur ne ressemblait vraiment à rien de ce que nous avions vu auparavant“, explique Edward Holmes, de l’Université de Sydney en Australie. “Cela a amené certaines personnes à spéculer que le virus avait été créé dans un laboratoire. Néanmoins, les coronavirus du Laos confirment que ces parties du SARS-CoV-2 existent dans la nature“, dit-il.

Je suis plus convaincu que jamais que le SRAS-CoV-2 a une origine naturelle“, convient également Linfa Wang, virologue à la Duke-NUS Medical School de Singapour.

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Gros plan sur les protéines de pointe du Sars-CoV-2. Crédits : visual-science

Encore des interrogations

Avec des parents du SRAS-CoV-2 déjà identifiés en Thaïlande, en Chine et au Cambodge, ces nouveaux travaux confirment que l’Asie du Sud-Est est un point chaud de diversité pour les coronavirus liés au SRAS-CoV-2.

Ces recherches laissent donc à penser que les origines de la pandémie de Covid-19 seraient bel et bien naturelles. Il reste néanmoins des interrogations. Les virus du Laos ne proposent par exemple pas le soi-disant site de clivage de la furine sur la protéine de pointe qui facilite davantage l’entrée du SARS-CoV-2 et d’autres coronavirus dans les cellules humaines.

Pour expliquer ce lien manquant, Marc Eloit avance les hypothèses suivantes : “Peut-être qu’un virus non pathogène a d’abord circulé chez l’homme avant de muter. Ou bien un virus très proche des virus identifiés possède ce site furine, mais nous ne l’avons pas encore trouvé“.