Un parent du SARS-CoV-2 isolé dans des chauves-souris congelées au Cambodge

Un nouveau coronavirus étroitement lié au SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19, a été découvert. L’agent pathogène a été isolé dans des chauves-souris stockées dans des congélateurs de laboratoire au Cambodge.

Un nouveau coronavirus étroitement lié au SARS-CoV-2

Tandis que le SARS-CoV-2 continue de circuler à travers le monde, les chercheurs travaillent toujours à déterminer son origine. Comme son cousin le SARS-CoV, responsable du syndrome respiratoire aigu sévère essuyé au début des années 2000, le SARS-CoV-2 nous vient probablement de chauves-souris fer à cheval (genre Rhinolophus). Toutefois, pour en être sûr, il convient d’étudier un maximum de ces petits mammifères. Dans cet esprit, certaines équipes s’attellent à capturer ces animaux directement dans leurs grottes dans le but de prélever des échantillons de sang et de salive, ainsi que des écouvillons fécaux.

Dans le cadre de cette enquête, d’autres se focalisent également sur les spécimens conservés en laboratoire. Et ce travail commence à porter ses fruits. Des virologues de l’Institut Pasteur du Cambodge, à Phnom Penh, annoncent en effet avoir isolé un nouveau coronavirus étroitement lié au SARS-CoV-2 dans des chauves-souris congelées, stockées depuis 2010 dans un laboratoire cambodgien.

« C’est ce que nous recherchions et nous l’avons trouvé« , a déclaré le Dr Veasna Duong, qui a dirigé la recherche. « C’est à la fois excitant et surprenant« . Les détails de ces travaux sont rapportés dans Nature News & Comment.

Des analyses toujours en cours

Les chercheurs ont isolé le virus chez deux chauves-souris fer à cheval de Shamel (R. shameli). En « zoomant » sur un petit segment de son génome  (un segment composé de 324 paires de bases) ils ont ainsi constaté sa similitude avec le SARS-CoV-2, mais également avec son plus proche parent connu : le RaTG13. L’équipe doit maintenant séquencer l’intégralité de son génome (environ 30 000 paires de bases) pour déterminer précisément à quel point ce nouveau coronavirus est lié au SARS-CoV-2.

Notez qu’il faudrait que les séquences de ce nouveau virus soient similaires à au moins 99% pour être considéré comme un ancêtre direct de ce dernier. Pour l’heure, RaTG13, qui partage 96% de son génome avec le SARS-CoV-2, reste son plus proche parent connu. Les deux agents pathogènes auraient divergé il y a entre quarante et soixante-dix ans.

Notez également que pendant ce temps, une autre équipe a également signalé la découverte d’un autre coronavirus dans des excréments de chauves-souris congelés dans un laboratoire japonais depuis 2013. Ce virus, appelé Rc-o319, ne partage en revanche que 81% de son génome avec le SARS-CoV-2, selon un article publié le 2 novembre. Autrement dit, il est étroitement lié à ce dernier, mais pas suffisamment pour permettre de déterminer l’origine de la pandémie.