Les plus anciens virus humains connus découverts chez Neandertal

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Des séquences génétiques de trois virus courants qui ravagent encore l’humanité aujourd’hui ont été isolées à partir de restes d’Hommes de Neandertal datant de plus de 50 000 ans. Selon certains experts, il serait même possible que ces virus à ADN qui produisent des infections persistantes aient joué un rôle plus ou moins important dans l’extinction de cette espèce.

Comment expliquer la disparition de Neandertal ?

Au cours de son existence, Neandertal a développé une culture sophistiquée. Il fabriquait des outils en pierre, enterrait ses morts avec soin et adaptait ses techniques de chasse et de survie à son environnement changeant. Malheureusement pour lui, ses adaptations n’ont pas suffi. Alors que les premiers humains modernes prospéraient et colonisaient de nouveaux territoires, les Néandertaliens se sont en effet éteints il y a environ 40 000 ans, laissant derrière eux des questions énigmatiques sur les raisons de leur disparition.

Pendant des décennies, les chercheurs ont spéculé sur ce qui a pu causer la disparition de Neandertal. Des théories allant de la compétition avec les premiers humains modernes à des changements climatiques drastiques ont été avancées. Plus récemment, des chercheurs se sont intéressés à d’autres coupables potentiels : les infections persistantes par des virus.

Les virus à ADN sont en effet capables d’établir une latence à vie et de provoquer des infections persistantes chez les hôtes. Les chercheurs ont donc entrepris de rechercher des traces de ces agents pathogènes dans les génomes de Neandertal pour vérifier si ces infections pourraient avoir contribué à leur extinction.

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Crédits : Denis-Art/iStock

Un séquençage viral

Pour vérifier leur hypothèse, les chercheurs ont utilisé les données du génome de Neandertal pour cartographier les lectures de séquençage sur les génomes de trois types de virus à ADN : l’adénovirus, l’herpèsvirus et le papillomavirus. En cartographiant ces lectures, ils ont pu reconstruire les génomes viraux anciens et identifier à la fois des segments conservés et des régions variables par rapport aux virus actuels.

De plus, les chercheurs ont observé des schémas de désamination de l’ADN ancien dans les lectures de séquençage, ce qui leur a permis d’estimer l’âge des échantillons néandertaliens à environ 50 000 ans. Les taux d’évolution virale calculés à partir de ces données correspondaient également aux estimations actuelles, renforçant la fiabilité des résultats obtenus.

En fin de compte, ces résultats indiquent que les Néandertaliens étaient effectivement infectés par des virus similaires à ceux qui existent encore aujourd’hui, même s’ils présentent des variations significatives dans leur génome viral.

Bien sûr, cela ne veut pas dire que les virus à eux seuls pourraient avoir causé l’ extinction des Néandertaliens, comme le notent les auteurs  dans l’article. Néanmoins, cela ajoute au moins un certain poids à la théorie de certains scientifiques selon laquelle ces agents pathogènes pourraient avoir joué un certain rôle.

L’étude est disponible en prépublication sur bioRxiv.