Une équipe de chercheurs annonce avoir identifié un « gène chevauchant » dans le génome du SARS-CoV-2. La structure pourrait contribuer à sa biologie unique et à son potentiel pandémique. Les détails de l’étude sont publiés dans la revue eLife.
Mieux appréhender la menace
Le gène nouvellement identifié – appelé ORF3d – est un exemple de ce que les généticiens appellent un « gène chevauchant », qui vient se superposer partiellement ou totalement à un autre gène, exprimant une protéine différente de ce dernier. Ces structures sont difficiles à identifier dans les séquences génétiques, dans la mesure où les systèmes de balayage génomique, chargés de parcourir les chaînes de code génétique, ne sont pas programmés pour les isoler.
Cette annonce n’est pas « extraordinaire » en soi. Les virus ARN sont en effet enclins à héberger des gènes chevauchants en raison de leur taux de mutation élevé. De ce fait, ils cherchent à maintenir leur nombre de gènes bas pour éviter un grand nombre de mutations. En conséquence, ils développent une sorte de « système de compression de données » dans lequel une lettre du génome peut contribuer à deux, voire trois gènes différents.
Ceci dit, la découverte est importante. Dans un virus qui possède une quinzaine de gènes, le fait de mieux appréhender sa structure génomique pourrait avoir un impact significatif sur la façon dont nous combattons l’agent pathogène.
« Les gènes qui se chevauchent peuvent être l’un des nombreux moyens par lesquels les coronavirus ont évolué pour se répliquer efficacement, contrecarrer l’immunité de l’hôte ou se transmettre« , explique en effet Chase Nelson, de l’Academia Sinica à Taiwan et principal auteur de l’étude. « Le fait de savoir que ces gènes existent et comment ils fonctionnent peut révéler de nouvelles voies pour le contrôle des coronavirus, par exemple grâce à des médicaments antiviraux« .
Encore dans le flou
Quant à ORF3d, il reste encore beaucoup à apprendre sur la raison de sa présence. « Nous ne connaissons pas encore sa fonction ou s’il y a une signification clinique« , poursuit Chase Nelson. En parcourant les bases de données génomiques, les chercheurs ont tout de même découvert que le gène avait déjà été identifié, mais seulement dans une variante du coronavirus qui affecte les pangolins (trouvée dans le Guangxi, en Chine).
Nous savons également qu’il a été précédemment classé à tort comme un gène non apparenté – ORF3b – présent dans d’autres coronavirus, y compris le SARS-CoV-2. En réalité, « ORF3d et ORF3b ne sont pas liés et codent pour des protéines entièrement différentes« , poursuit le chercheur. « Cela signifie que nos connaissances sur le SARS-CoV ORF3b ne doivent pas être appliquées au SARS-CoV-2 ORF3d« .
Enfin, en se basant sur des analyses sanguines antérieures opérée chez des patients humains COVID-19 , il semblerait que ORF3d provoque une forte réponse anticorps. Cela montre que la protéine de ce nouveau gène « mystérieux » est produite lorsque le SARS-CoV-2 infecte les humains.
Pour l’heure c’est tout ce que nous savons. Les recherches vont maintenant poursuivre dans le but de mieux cerner la structure génomique de ce virus. De cette manière, nous pourrions alors développer d’autres moyens de s’en protéger.
