Si la recherche travaille actuellement à la mise au point d’un vaccin contre le SARS-CoV-2, il est également important de retrouver son origine. Récemment, une équipe internationale a annoncé que le virus circule chez les chauves-souris depuis au moins quatre décennies.
Reconstruire l’histoire évolutive du SARS-CoV-2
Ces derniers mois, plusieurs débats ont eu lieu à propos du coronavirus SARS-CoV-2. Quel animal l’a transmis à l’Homme ? Quand l’épidémie a-t-elle réellement démarré ? Quid des théories douteuses disant que le coronavirus a été fabriqué à partir du virus du sida ou que celui-ci s’est échappé de l’Institut de virologie de Wuhan ?
La Science en est désormais certaine, les porteurs originels du coronavirus sont bien les chauves-souris. Une étude publiée dans la revue Nature Microbiology le 28 juillet 2020 estime que le SARS-CoV-2 circule entre ces animaux depuis plus de quarante ans ! Les chercheurs chinois, étasuniens, belges et britanniques ont effectué un travail méticuleux afin de reconstruire l’histoire évolutive du virus.
Une découverte inquiétante
Rappelons que les coronavirus ont un matériel génétique hautement recombinant. Autrement dit, plusieurs parties de leur génome peuvent provenir de sources différentes. Afin de reconstruire l’histoire de l’évolution du SARS-CoV-2, les scientifiques ont identifié toutes ces régions qui se sont recombinées. Ensuite, ils ont reconstruit les histoires phylogénétiques des régions non recombinantes. Après cela, ils ont réalisé une comparaison de ces régions afin d’identifier quels virus spécifiques sont intervenus dans ces fameuses recombinaisons.
Après ces observations, les scientifiques ont conclu que la lignée du SARS-CoV-2 s’est différenciée des autres il y a entre quarante et soixante-dix ans. Les directeurs de l’étude confirment tout de même que ce coronavirus est proche à 96 % du RaTG13, identifié en 2013 dans la province du Yunnan (Chine). Toutefois, le SARS-CoV-2 s’est écarté du RaTG13 en 1969 ! Par ailleurs, les chercheurs ont fait une autre découverte. L’un des traits les plus anciens commun au SARS-CoV-2 et aux autres membres de sa lignée est celui d’être capable de reconnaître et de se fixer aux récepteurs à la surface des cellules humaines. Ceci laisse donc supposer que d’autres virus circulent depuis très longtemps chez les chauves-souris.
Or, il est question de virus pouvant potentiellement infecter les humains. Toutefois, la question d’un intermédiaire se pose à nouveau. Depuis le début de la crise, certains pensent que le pangolin pourrait être cet hôte intermédiaire. Cependant, rien ne prouve à l’heure actuelle qu’un tel hôte intermédiaire soit indispensable à l’infection des humains par les chauves-souris.
