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Le Covid-19 circulait déjà librement en France à la mi-janvier estiment des chercheurs

Crédits : NIAID

Officiellement, le premier cas détecté en France vient de Chine. Toutefois, des généticiens affirment que le Covid-19 ne provient pas directement du pays foyer de l’épidémie et circulait déjà librement en France à la mi-janvier. Comment cela est-il possible ?

Le virus circulait avant la grande vague

Et si le Covid-19 ne venait pas directement de Chine ? De manière tout à fait officielle, le premier cas sur le territoire français est un homme de 80 ans originaire de la province du Hubei (Chine). Or, celui-ci était arrivé à Paris le 23 janvier 2020. Rappelons que l’épidémie a mis du temps à s’installer en France. Le 17 février par exemple, le pays comptait seulement 12 cas dont la plupart étaient importés.

Et pourtant, il se pourrait bien que le Covid-19 circulait librement dès la mi-janvier ! Cette hypothèse est celle de chercheurs de l’Institut Pasteur ayant publié leur étude sur la plateforme bioRxiv le 24 avril 2020. Selon les chercheurs, des personnes asymptomatiques (pas de symptômes) ou paucisymptomatiques (peu de symptômes) portaient déjà le virus bien avant l’importante vague de cas du mois de mars.

Il faut tout de même savoir que la surveillance du Covid-19 a débuté en France le 10 janvier. Environ deux semaines plus tard, les trois premiers cas importés en Europe ont été détectés dans le pays. Par ailleurs, les premières souches du virus ont été séquencées en France entre le 23 janvier et le 29 janvier et provenaient tous de la région de Wuhan. Ensuite, les autres souches provenaient de personnes ayant résidé en Italie.

Reconstruction de l’arbre phylogénétique

Selon la publication de l’Institut Pasteur, l’étude prend en compte des échantillons biologiques collectés jusqu’au 24 mars 2020, à savoir 97 souches virales. Toutefois, il faut savoir que la reconstruction de l’arbre phylogénétique prend également en compte d’autres séquences génétiques issues d’autres équipes internationales. Ainsi, les chercheurs ont pu déterminer la diversité génétique des souches virales apparues en France (variants).

Or aujourd’hui, ces variants ne circulent plus vraiment au sein de la population. L’isolement des premiers cas a permis d’éviter l’implantation de ces variants. De plus, il s’avère qu’une majorité écrasante des séquences génétiques virales appartiennent toutes à un même ensemble. Du fait de leur très faible diversité génétique, les chercheurs les ont classés au sein du “lignage G”.

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Crédits : NIAID

Plusieurs fois introduit dans le pays

L’Institut Pasteur dispose d’une des souches de lignage G les plus précoces à l’échelle européenne. Ce dernier date en réalité du 19 février et concerne une personne infectée dans le département de l’Oise. Or, cette personne n’a pas voyagé et n’a pas été en contact avec d’autres personnes revenant de voyage. Pour les chercheurs, le Covid-19 circulait déjà librement et surtout silencieusement dans l’Oise. Toutefois, celui-ci circulait vraisemblablement dans d’autres régions au même moment, compte tenu de la faible diversité au niveau des souches. Ainsi, le virus a été certainement introduit en France à plusieurs reprises et ce vers la mi-janvier ou le cas échéant, au début du mois de février.

Toutefois, il faut rappeler que l’étude reste à vérifier car celle-ci figure actuellement sur bioRxiv, une plateforme de pré-publication. De plus, ces estimations de l’Institut Pasteur pourraient changer à l’avenir. En effet, les chercheurs ne disposaient pas d’un nombre important de souches et ces dernières ne représentaient pas assez toutes les régions françaises. Néanmoins, les chercheurs estiment que 95 % des souches circulant en France actuellement appartiennent bien à ce lignage G. Ainsi, la plupart des cas proviendraient des chaînes de transmission locales et non des cas importés.