D’étranges virus géants découverts dans une forêt américaine

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Crédits : Fischer et al

Une équipe de chercheurs annonce avoir identifié de nouveaux virus géants dans les sols d’une forêt de Nouvelle-Angleterre, aux États-Unis.  Ils présenteraient des traits jamais vus dans d’autres virus de même poids. Parmi eux figurent des « coquilles » extérieures en forme d’étoile aux appendices tubulaires étranges. 

Des virus hors-norme

Les virus géants sont une classe de virus exceptionnels en raison de leur taille considérable. Ces pathogènes mesurent généralement de 0,2 à 1,5 micromètre (μm), de quoi les rendre visibles au microscope optique. À titre de comparaison, la plupart des virus, tels que les virus de la grippe, ont une taille qui varie de 0,08 à 0,12 μm de diamètre. Naturellement, ces tailles exceptionnelles impliquent des génomes plus complexes. Ces derniers peuvent en effet contenir jusqu’à 2,5 millions de paires de bases d’ADN, tandis que la plupart des autres virus ont des génomes beaucoup plus petits.

Les virus géants ont été principalement été découverts infectant des organismes unicellulaires, tels que les amibes. Ils sont aussi connus pour causer des infections dans des environnements variés, y compris les eaux douces, les océans, les sols et les milieux de vie extrêmes comme les lacs de l’Arctique et le pergélisol. Leur présence dans ces nombreux écosystèmes suggère ainsi qu’ils jouent un rôle significatif dans la régulation des populations d’organismes unicellulaires. Ils ont par ailleurs été découverts relativement récemment grâce aux progrès de la technologie de séquençage génomique et à l’amélioration des techniques de détection des virus. Il n’est donc pas très étonnant d’en découvrir de nouveaux régulièrement.

Du jamais vu auparavant

En 2018, une équipe était justement tombée sur plusieurs de ces virus dans le sol de la forêt de Harvard, dans le centre du Massachusetts. Plus récemment, les chercheurs ont analysé des échantillons de sol de cette même forêt à l’aide d’un microscope électronique à transmission. Contrairement au microscope optique classique, qui utilise la lumière visible pour observer des échantillons, on utilise ici des faisceaux d’électrons pour créer des images à une résolution beaucoup plus élevée.

L’imagerie a finalement révélé une particule ressemblant à un virus avec une coquille à double couche qui avait une forme d’étoile distinctive. L’équipe a également identifié des particules avec des fibres de différentes longueurs, épaisseurs et densités dépassant de leur surface, ce qui n’a pas manqué de les surprendre.

« Ce que nous avons trouvé est une toute nouvelle diversité de formes que nous n’avions jamais vues auparavant« , résume ainsi le virologue Matthias Fischer, de l’Institut Max Planck pour la recherche médicale en Allemagne.

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Un virus géant avec de longs appendices tubulaires. Crédits : Fischer et coll.

Bien que l’on ignore encore précisément les fonctions de ces caractéristiques, les chercheurs émettent l’hypothèse que certaines pourraient aider les virus à mieux se fixer à leurs cellules hôtes.

Interrogé par Livescience, Matthias Fischer précise également que ces types de virus géants ne sont probablement pas une menace pour les humains. Au contraire, ils seraient plutôt « des acteurs très importants de l’écosystème« . Les virus du sol sont en effet essentiels au cycle du carbone en aidant à contrôler l’abondance de microbes, comme les bactéries, qui influencent directement le flux de carbone dans le sol.