La plus ancienne souche connue de Yersinia pestis, la bactérie à l’origine de la peste, a été isolée dans les dents et ossements d’un chasseur-cueilleur mort il y a plus de 5 000 ans.  En revanche, la victime était un cas isolé.

Les restes de cette souche bactérienne ont été découverts dans les ossements d’un homme étiqueté « RV 2039 », enterré il y a plus de 5 000 ans dans l’actuelle Lettonie vers l’âge de vingt-cinq ans. Ces restes, conservés depuis 2011 dans la collection de l’anthropologue allemand Rudolph Virchow, avaient initialement été découverts à la fin du XIXe siècle aux côtés d’un autre squelette.

Dans le cadre d’une nouvelle étude, une équipe dirigée par l’Université de Kiel, en Allemagne, est retournée sur le site où ils ont découvert deux autres sépultures. Les chercheurs ont recueilli plusieurs échantillons de dents et d’os de ces quatre personnes pour séquencer leur génome. Ils ont également concentré leurs efforts sur la présence d’agents pathogènes.

La plus ancienne souche de peste connue

À leur grande surprise, les chercheurs ont isolé des restes de Y. pestis dans les ossements de RV 2039. Jusqu’à présent, les restes de la plus ancienne souche de cette bactérie dataient d’environ 4000 ans. Le séquençage de la bactérie suggère également qu’elle intégrait une lignée ayant émergé il y a environ 7 000 ans, soit plus de 2 000 ans plus tôt que prévu par d’autres études.

« Il semble que nous soyons vraiment proches de l’origine de la bactérie« , a déclaré Ben Krause-Kyora, principal auteur de ces travaux.

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Le crâne de « RV 2039 ». Crédits : Dominik Göldner, BGAEU, Berlin

Une histoire nuancée

Les chercheurs ignorent comment la maladie aurait pu affecter la victime, mais la présence de cet agent pathogène suggère que sa charge bactérienne était particulièrement élevée au moment du décès. Il est donc probable qu’il soit décédé de l’infection. En revanche, l’analyse génétique de la bactérie suggère que l’un des gènes permettant la transmission de la maladie par les puces n’était pas encore développé à cette époque. D’après les auteurs, le cas de cet homme, probablement mordu par un rongeur infecté, était donc isolé.

Jusqu’à présent, les historiens ont supposé que la peste était apparue chez l’Homme au sein de populations densément peuplées bordant la mer Noire dépendantes de l’élevage. Les villes constituent en effet le creuset idéal pour le développement de ce type de maladie infectieuse. Or ici, les restes de cet agent pathogène ont été isolés chez un chasseur-cueilleur évoluant probablement dans une population clairsemée à une époque où l’agriculture commençait tout juste à s’imposer dans la région. Ainsi, cette nouvelle découverte nous invite également à repenser l’histoire de cette maladie.