Ils ont été découverts en 2013 au Chili sur une plage à Santiago. Les membres de la famille Pandoravirus – ces virus géants en forme d’amphores qui infectent les amibes – ont plus de gènes que n’importe quel autre virus. La découverte de trois nouveaux membres pourrait finalement nous aider à comprendre pourquoi ils sont si gros, et potentiellement nous conduire à l’origine de tous les virus.
La famille de virus géants pandoravirus s’enrichit de trois nouveaux membres découverts à Nouméa, à Melbourne et à Marseille, révèle une nouvelle analyse réalisée par des chercheurs français. L’étude stipule que les similitudes structurelles et fonctionnelles entre les membres de Pandoraviridae, les six exemples connus de ces poids lourds viraux, ont étonnamment peu de gènes en commun. Dans Nature Communications, les chercheurs proposent une explication : les pandoravirus seraient des fabriques à nouveaux gènes – et donc à nouvelles fonctions.
« Avec ces trois nouveaux, nous pouvons maintenant affirmer que les virus géants ne sont pas rares, on en retrouve un peu partout sur Terre », souligne Jean-Michel Claverie, chercheur au laboratoire Information génomique et structurale de l’Institut de Microbiologie de la Méditerranée à Marseille.
Les virus géants se caractérisent par un très grand nombre de gènes codant pour des protéines (en moyenne 1 500 pour les pandoravirus contre une dizaine pour les virus classiques). Les Pandoravirus ont en effet de gros génomes pour correspondre à leur taille significative. Le détenteur du record actuel est Pandoravirus salinus, qui présente au total 2 473 paires de kilobases. Mais alors, pourquoi porter aussi lourd lorsque l’évolution a tendance à encourager les autres virus à voyager léger ? Un indice pourrait être dans la nature de ces gènes. Des recherches antérieures avaient montré que seulement 7 % d’entre eux correspondaient à des gènes trouvés dans d’autres organismes, indiquant qu’ils représentaient clairement une voie évolutive différente.
Les gènes qui sont uniques à chaque branche de l’arbre de la vie sont décrits comme des « orphelins ». Et il est inhabituel de voir autant de gènes orphelins dans un seul organisme. Cette découverte récente de deux nouvelles espèces de Pandoravirus pourrait enfin permettre de les comparer en détail. Nous savons néanmoins que ces gènes sont différents d’un virus à l’autre. « Cela signifie qu’il n’y a pas d’histoire commune pour ces gènes, ils ne peuvent pas avoir été été hérités d’un ancêtre commun, poursuit le chercheur. Il faut donc en conclure que ce sont des inventions, des gènes qui apparaissent par hasard et qui sont donc différents d’une souche à une autre ».
Cette hypothèse révolutionnaire ferait donc des virus géants des artisans de la créativité génétique, qui est un élément central de toutes les conceptions de l’origine de la vie et de son évolution.
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