Ce que nous dit l’analyse des restes fécaux de Neandertal

L’analyse de restes fécaux (ou coprolithes) de Neandertal a permis d’isoler plusieurs centaines de micro-organismes communs chez les humains modernes. Ces travaux suggèrent que certaines de nos bactéries intestinales vivent dans notre tractus gastro-intestinal depuis plusieurs centaines de milliers d’années.

Il y a environ 50 000 ans, un groupe de Néandertaliens s’est établi sous un escarpement rocheux au sud de Valence, en Espagne (site archéologique d’El Salt). Au cours des dernières années, des chercheurs ont pu analyser plusieurs coprolithes (excréments minéralisés, fossilisés) retrouvés sur place, nous livrant un aperçu sans précédent du microbiote intestinal des Néandertaliens (la composition microbienne de leur tractus gastro-intestinal).

Ces travaux, dont les résultats sont publiés dans Nature Communications Biology, ont permis d’isoler plus de deux cents micro-organismes bactériens communs à Neandertal et à Homo Sapiens. Sur ce constat, l’équipe internationale de chercheurs, dirigée par l’Université de Bologne, émet hypothèse que certains composants du microbiote humain vivaient dans notre tractus gastro-intestinal avant même la séparation de notre espèce des Néandertaliens il y a plus de 700 000 ans.

Les données les plus anciennes sur le microbiome intestinal pour les humains dataient jusqu’à présent d’environ 8 000 ans. Cette étude fait donc reculer cette chronologie d’environ 40 000 ans, peu de temps avant que les Néandertaliens ne disparaissent des archives de l’évolution.

Pourquoi cette découverte est-elle importante ?

Le microbiote intestinal est une collection de trillions de micro-organismes qui peuplent notre tractus gastro-intestinal. Il remplit des fonctions essentielles dans notre corps. Citons la régulation de notre métabolisme et de notre système immunitaire, et la protection contre les micro-organismes pathogènes.

Or, des études récentes ont montré que chez les populations urbaines occidentales, la consommation d’aliments transformés, de drogues ou encore le fait d’évoluer dans des environnements hyperdésinfectés conduisent à une réduction critique de la biodiversité dans le microbiote intestinal.

Le constat est inquiétant, dans la mesure où certains de ces composants sont cruciaux pour notre physiologie. La hausse régulière des taux de maladies inflammatoires chroniques telles que les maladies inflammatoires de l’intestin, le diabète de type 2 et le cancer colorectal est en partie due à ce manque de diversité microbienne dans nos intestins.

D’où l’importance de cette nouvelle étude. Grâce à ces analyses d’ADN collectés à El Salt, les chercheurs ont pu isoler un « noyau » de micro-organismes ancestral, de « vieux amis », comme on les appelle, partagés entre Homo sapiens et Neandertal. Autrement dit, il s’agit d’une population de bactéries visiblement essentielle à notre évolution.

Parmi elles figurent des organismes bien connus tels que Blautia, Dorea, Roseburia, Ruminococcus et Faecalibacterium qui régulent notre équilibre métabolique et immunitaire. Les auteurs ont également isolé la bifidobactérie : un micro-organisme jouant un rôle clé dans la régulation de nos défenses immunitaires, notamment dans la petite enfance.

Si nous savions déjà que toutes ces bactéries (et il y en a d’autres) étaient essentielles à notre santé, nous savons désormais qu’elles sont également ancestrales, contribuant ainsi au succès de notre évolution. Dans le contexte de modernisation actuel dans lequel il y a une réduction progressive de la diversité du microbiote, ces informations pourraient ainsi guider des stratégies intégrées adaptées au régime alimentaire et au mode de vie pour protéger ces micro-organismes.