, ,

La data-visualisation pour combattre les pandémies

Crédits iStock

Un outil open source récent donne la possibilité de traquer les virus à travers le monde de son évolution génétique à sa diffusion géographique. Le but ? Lutter contre les prochains virus sources de pandémies.

Le passé compte de nombreuses pandémies, les plus graves ont été la peste noire en Europe (36 millions de morts) ou encore la grippe espagnole de 1918 (50 à 100 millions de décès). Bien plus récemment, les dernières crises sanitaires imputées aux virus Ebola et Zika sont peut-être signe de la future émergence d’un virus bien plus compliqué à maîtriser. C’est pourquoi les réponses doivent être performantes au niveau de l’élaboration de vaccins, la coordination des pays dans leurs solutions sanitaires ou encore permettre aux états en difficulté d’avoir un système de santé performant.

Un outil de data-visualisation open source entre dans le cadre de cette logique. Il s’agit de Nextstrain qui a remporté l’Open Science Prize le 28 février 2017. Il ne s’agit pour l’instant que d’un prototype élaboré entre autres à l’aide des données concernant les virus Ebola et Zika. À l’aide de ces données, Nexstrain permet d’identifier les souches virales de ces virus et de localiser leur propagation sur une carte.

« Les chercheurs de terrain durant l’épidémie d’Ebola collectaient les séquences génétiques du virus », explique Richard Neher pour Quartz.

La plateforme rend compte de la propagation du virus Ebola ayant frappé l’Afrique de l’Ouest (Sierra Leone, Liberia, Guinée-Conakry) entre 2013 et 2016. Comme le montre la capture visible ci-dessous, il est possible d’observer la progression géographique ainsi que l’évolution de la souche du virus durant l’épidémie et suivant les pays. Par évolution, il faut comprendre « mutations » pouvant changer la nature du virus (en le rendant plus agressif ou plus résistant).

(Crédit image : Nextstrain)
(Crédit image : Nextstrain)

L’outil Nextstrain est arrivé un peu tard pour fournir de l’aide dans le cas d’Ebola ainsi que pour le virus Zika ayant frappé de plein fouet sa zone d’origine, le nord-est du Brésil, pour ensuite se diffuser un peu partout sur le globe (voir ci-dessous).

(Crédit image : Nextstrain)

Pour les créateurs de Nextstrain, l’outil aurait pu permettre d’identifier plus tôt la zone à risque au Brésil afin d’agir en amont et éviter une diffusion massive. Agir avant le pire et suivre l’évolution d’un virus en temps réel est le but de cet outil qui devrait intégrer d’autres virus dans un avenir proche et permettre d’éviter d’autres épidémies ravageuses.

Sources : QuartzSciences et Avenir